Clindamycin memiliki efek samping yang jarang terjadi, seperti kulit pecah-pecah, kulit kemerahan, bengkak dan berkerak.
Sedangkan untuk efek samping yang kejadiannya tidak terduga, seperti keram pada perut, feses berwarna hitam, gusi berdarah, kulit terkelupas, perut kembung, darah dalam urin atau feses, pandangan kabur, nyeri dada, menggigil, feses berwarna seperti tanah liat, urin keruh, muncul perasaan bingung, urin berwarna gelap, diare. Jika mengalami efek samping tersebut, hubungi dokter.