Clopidogrel memiliki efek samping seperti hematoma (gumpalan darah tidak normal yang berada di luar pembuluh darah), mimisan, diare, nyeri lambung, nyeri perut, memar, pendarahan pada daerah luka bekas tusukan, sakit kepala, pusing, gangguan parestesia, gastrointestinal dan hematologi, ruam, pruritus.