Dari segi dapur pacu, Honda Vario eSP CBS ISS hadir dengan gahar dengan mesin 4 Langkah, SOHC Pendingin Udara yang mampu menghasilkan Daya Maksimum 6.4 Kw (8.7 PS/7.500 rpm) dan Torsi maksimum 9.1 Nm (0.93 kgf/6.000 rpm). Honda Vario eSP CBS ISS juga hadir dengan teknologi Idling Stop System atau ISS yang dapat menghemat bahan bakar dengan mematikan mesin secara otomatis ketika Honda Vario eSP CBS ISS berhenti lebih dari 3 detik.