Pada bagian mesin, Yamaha Lexi 125 berjalan dengan tipe mesin 4-Langkah SOHC silinder tunggal berpendingin udara dengan kapasitas 125 cc. Dengan kapasitas tangki bensin 4.2 L dan sistem pembakaran fuel injection, Yamaha Lexi 125 hasil tenaga maksimum 8.75 kW / 8000 rpm dan putaran maksimum 11.3 Nm / 7000 rpm yang lebih efektif. Dengan fitur Stop & Start System, Yamaha Lexi 125 lebih irit dengan kurangi konsumsi bahan bakar saat mesin tidak digunakan.